шаблон сайта состоит из 2 файлов - header.php и footer.php. Если Вы убирали что-то в шаблоне - ссылку, текст, картинку, Вы правили эти файлы, даже если этого не видели. Ознакомтесь с документацией по интеграции.
У Вас и меню, и подменю имеют один тип, скорее всего. Чтобы на всех страницах меню отображалось одинаково, меню верхнего уровня должно быть одного типа, все подменю - другого.