Если нужен 1 шаблон для первой страницы и 2-й для остальных, то:
1. Идем в админку. Раздел Настройки - Настройки продукта - Сайты - список сайтов (http://Ваш_сайт/bitrix/admin/site_admin.php?lang=ru) - там выбираем нужный сайт, заходим в его свойства.
2. В самом низу формы - список шаблонов сайтов и условий для них. Выбираем 2-й шаблон, условие - без условий. В след. строке выбираем 1-й шаблон, условие - для папки или файла, вы открышемся поле вбиваем [B]/index.php[/B]
3. Жмем Сохранить
Все.