Если у Вас один и тот же шаблон компонента используется в нескольких шаблонах сайтов, то да, его надо помещать в шаблон .default - так придумано разработчиками БУС. А вот css у каждого шаблона свой. Я так понимаю, Вы не хотите каждый раз копировать css-файл шаблона сайта после внесения изменений? Ну, тогда есть вариант $APPLICATION->SetAdditionalCss('абсолютный путь к файлу'), хотя это будет идеологически неверно.