Хороший вопрос, раньше у меня тоже были проблемы с пониманием этого. Вообщем разделы бывают двух типов. Бывают разделы инфоблоков и бывают физические разделы, то есть папки в которыч есть свой index.php. Но не нужно путать страницы и разделы, потому что в одном физическом разделе могут быть несколько страниц. На пример index.php и some_page.php. Физические разделы (папки) в ссылке всегда отображаются (/folder_name/) через палку.
Раделы инфо-блоков так же можно настраивать таким образом что бы в ссылке они отображались имитируя физические разделы (или как вы говорите виртуальные разделы).