Раз похоже на правду, проверьте в первую очередь те файлы, из которых удаляли вирусы. Не поможет пойдите по цепочке сначала. Т.е. если вы открываете файл /bitrix/admin/index.php То откройте посмотрите на него, потом посмотрите на то что инклудится (учитывая "вложения" инклудов).
Не работает админка, Невозможно попасть в панель администрирования сайтов
Такая проблема может быть если в заголовке отправить пробел или перевод строки перед началом работы пэхапе. Стоить проверить файлы init.php и dbconn.php, чтобы там не было пустых строк.