Вы пробовали менять координаты местами, как я писал в начале? У меня была та же самая проблема с яндекс.картами. Координаты брались из геокодера, писались в свойство. На карте в редактировании элемента инфоблока точки отображались неверно. Когда начал копаться, выяснилось, что битриксу надо координаты менять местами. В итоге пришлось перед записью координаты менять(геокодер возвращает lng,lat) и при отображении ещё раз менять местами, т.к. GeoPoint'у в аргументах надо передавать сначала долготу, а потом широту(использовалась своя реализация отображения точек, а не компонент)