Я просто предложил.
По вашему вопросу "другие модификации товара" я понял как товары одной серии. Типа белый айфон и черный айфон. Сделайте свойство "серия". Это простой с точки зрения реализации способ.
Можете в 1С заполнить серию, как ссылку на элемент другого справочника, чтобы легче было заполнять. Правда, на сайт выгрузится только GUID, но будет достаточно.
-------
Похожесть - это глобальная задача.
Вы сами должны решить, что такое похожесть :-)
У разных видов номенклатуры похожесть определяется по разному. Где-то по цене, где-то по характеристикам, где-то по модели или серии. В автозапчастях вообще аналоги: каждый к каждому.
Но вы не должны впадать в крайность и загонять все характеристики в торговые предложения. В крайнем случае в Битриксе сто лет есть функционал "Сравнение товаров". Им редко кто пользуется,