Еще есть решение. На одном из проектов в UTF8 поборол следующим способом.
Файлы шаблона были в некой OEL (кажется это тип переноса строк) типа Макинтош. Переконвертировал в windows, стало нормально работать, в типе Unix тоже отлично работает. Последнее думаю предпочтительнее на unix сервере.
Причем странно, что с такими переносами сделал файлы сам битрикс, при создании шаблона.