:) в публичной части у вас должно быть так:
global $arrFilter;
$arrFilter = array("SECTION_ID" => "25");
или так (записи равнозначны):
$GLOBALS['arrFilter'] = array("SECTION_ID" => "25");
Т.е. здесь мы глобальной переменной arrFilter записали массив.
Теперь параметру FILTER_NAME при подключении комплексного компонента необходимо указать имя этой вашей переменной, в которой хранится фильтр, чтобы компонент по этому имени смог получить ваш массив. Имя переменной - arrFilter.
Т.е. параметры будут выглядеть так:
<?$APPLICATION->IncludeComponent("bitrix:news", "news_main_list", array(
"IBLOCK_TYPE" => "news",
"IBLOCK_ID" => "3",
...
"FILTER_NAME" => "arrFilter",
...
Далее в файле section.php шаблона комплексного компонента нужно проверить доходит ли значение переменной фильтра или ее что-то изменяет. Изменить ее 100% может компонент фильтрации, который стоит перед списочным компонентом, но раз вы написали, что его удалили, то нужно смотреть дальше.
Проверить же можно так:
echo '<pre>'.print_r($GLOBALS[$arParams['FILTER_NAME']], true).'</pre>';
- должно вывести перед списочным компонентом ваш фильтрующий массив.