Не, дело не в расписании и не в регламентных заданиях (если только они не пересекаются дргуг с другом по времени). Изменения, сделанные в заказе на стороне 1С должны возвращаться на сайт в ходе обмена, если только заказ уже не оплачен. Ну а если из неоплаченного заказа не идут изменения на сайт, то надо искать ошибки в логе обмена.