Возможно, только стандартные механизмы обмена придется кастомизировать (для разрешения ситуации, когда в нескольких базах есть инфа по одному и тому же клиенту и разграничение временных папок и временных таблиц обмена для каждой 1с-ки, чтобы они могли производить обмен одновременно).