Мы делали обмен "произвольными" данными между 1С Битрикс и 1С Предприятием. За основу брали стандартный протокол обмена заказами (он - двустронний), описанный здесь http://dev.1c-bitrix.ru/api_help/sale/orders_protocol.php - он очень удобен. А в качестве формата файла так же использовали CommerceML 2. Если почитаете описание этого формата http://bedrosova.ru/upload/CommerceML_2_07.pdf, то будете удивлены - им вообще все, что угодно можно передать, и на стороне Битрикс для него уже есть шикарный парсер.