$aMenuLinksExt=$APPLICATION->IncludeComponent("bitrix:eshop.menu.sections", "", array(
"IBLOCK_TYPE_ID" => "catalog",
"CACHE_TYPE" => "A",
"CACHE_TIME" => "36000000"
;) ,
false,
Array('HIDE_ICONS' => 'Y')
);
Там указывается тип инфоблоков IBLOCK_TYPE_ID, и меню строится на основе всех инфоблоков данного типа.