Делают так: для каждой организации заводят свой товарный инфоблок, когда пользователь делает заказ, анализируют, из какого инфоблока товары. Разбивают 1 заказ на несколько отдельных заказов для каждой организации. Для каждой ИБ делают отдельный адрес на сайте, к которому она будет коннектиться, чтобы забрать заказы. На каждом из адресов - отдаются свои данные. Естественно, данный процесс предполагает кастомизацию всех входящих в него компонентов (экспорта заказов и оформления заказа). Есть готовое успешновнедренное решение, но не известно, подойдет ли оно вашей специфике.