Загружаемые файлы хранятся в /upload/
Разделы сайта хранятся в корне.
Все данные о настройках, пользователях и прочее хранится в БД.
Можно попробовать установить на другую машину mysql, скопировать все файлы *.MYD, *.MYI, *.frm из папки вашей сломанной БД, в папку свежеустановленной, а потом полечить стандартными средствами.