Может быть другая ситуация.
Есть главный шаблон, по которому строится достаточное количество страниц.
Есть страницы, которые выглядят совершенно иначе, кроме хедера-футера. Их тоже относительно много.
В таком случае я считаю лучшим вариантов сделать два шаблона, но во втором, НЕглавном шаблоне, прописать абсолютные ссылки к CSS стилям и сделать хедер\футер подключаемыми файлами опять же с абсолютными путями. Все это будет находиться в главном шаблоне.
Не уверен в непоколебимости подхода, но делаю так. Кто подскажет существенные минусы?