Посмотрите блоги разработчиков Битрикс - была целая статья как сконвертировать сайт с windows-1251 в UTF-8 с пошаговым мануалом. Далеко не банальная операция. И делайте ее лучше не на рабочем сайте, а бэкапните его, положите в локальную виртуальную машину или на тестовый сервер, там конвертаните, бэкапните и разверните на рабочем сервере.