Свойства для элементов инфоблока едины, в не зависимости от того, в каком разделе они находятся.
Но некоторые придумывают что-то своё. Обычно это своё включает страницу редактирования элемента со своей логикой. Например, магазин bexx. Не совсем идеал, но требуемую Вам логику для редактирования элементов выполняет.
Ещё как вариант, создать весь набор свойств и через свойства раздела показывать нужные. Опять-таки, - своя страница редактирования товара.
Как вариант, посмотрите, может быть пересмотреть логику хранения товаров в каталоге и всё будет более-менее стандартно?