Официальные ответы тех.поддержки по теме:
1)
В настройках интеграции с 1С, вы можете указать с какими данными создавать заказы, но настроить заполнение свойств заказа данными из 1С, возможность отсутствует.
2)
При выгрузке заказа из 1С на сайт, отсутствует возможность заполнения пользовательских свойств заказа данными 1С.
Новый заказ, будет создаваться со способом оплаты и доставки указанным на странице Рабочий стол > Магазин > Настройки > Интеграция с 1С, вкладка "Заказ".
3)
Если заказ добавлялся в 1С и передается на сайте, то метод оплаты может быть установлен только из настроек указанных на странице Рабочий стол > Магазин > Настройки > Интеграция с 1С, вкладка "Заказ". Способ оплаты установленный в 1С, возможность установить на сайте отсутствует. Отмена заказа, будет выполнятся если из 1С передает пометка на удаление заказа. Статус заказа обновляется, если отмечен параметр "Менять статусы заказов по информации из 1С" в настройках интеграции с 1С.