очень простой способ использовать симвользый код корневых разделов и назвать классы так же
в шаблоне компонента catalog.section в файле component_epilog.php добавить код
$APPLICATION->SetPageProperty("BODY_CLASS", $arResult["PATH"][0]["CODE"]);
в шаблоне сайта (он должен быть один) тэг body должен быть таким
<body class="<?$APPLICATION->ShowProperty("BODY_CLASS", "");?>">
после этого в таблице стилей нужно прописать классы для каждого раздела, только то что отличается, например если в разделе с кодом shokolad ссылки должны быть коричневые, то добавляем стиль
body.shokolad a { color: brown;}