Поддержка нескольких БД с указанием кода БД в GetList, несколько типов субд одновременно, драйвер для postgresql...
Эх, мечты.
В Вашем случае придется слить две базы в одну и завести свойство "тип" у информационного блока, чтобы знать, к какой базе он относился и фильтровать по нему. Также можно сделать два сайта на одном битриксе с одной общей БД, а дифференцировать данные по SITE_ID.