На днях решил обновить пакеты в своей CentOS 6, обновились удачно, одним из бонусов стало обновление nginx до версии 1.0.12.
С этим обновлением и связан один неприятный момент, nginx особо не задумываясь положил свой конфиг по умолчанию в /etc/nginx/conf.d/default.conf, после чего сайт находящийся в /home/bitrix/www/ тихо лег, выставив на всеобщее обозрение табличку о том какой путевый http сервер тот самый nginx.
Решается проблема просто, удаляем этот файл конфигурации, перезапускаем nginx и все начинает вполне себе работать как и до обновления.
Надеюсь сей опус кому нибудь поможет, удачи.