Вы не баллы добавляйте, а деньги на внутренний счет, в настройках компонента оформления заказа есть несколько галок типа "Позволять оплачивать с внутреннего счета" "Позволять частично оплачивать с внутреннего счета"
Единственное что вам останется сделать, это реализовать добавление денег на счет клиента.