Ответ может лежать на поверхности. 3 наводящих вопроса:
1. Используются ли при выводе элементов в публичной части разделы?
2. Используется ли вывод всех элементов, либо всех разделов (либо части) инфоблока?
3. Есть ли в форме добавления элементов выбор раздела?
Если да, и выводятся элементы из разделов, скорее всего, что при добавлении элемента он не присваивается группе, и посему не выводится.