Вы пользуетесь [URL=http://marketplace.1c-bitrix.ru/solutions/sprint.migration/]решением[/URL]? Я с ним не работал, но предположу, криво задано значение migration_dir в migrations.cfg.php. Что там сейчас? Вообще, проще спросить у разработчиков.
Галочка выключает сразу все сайты. Почитайте [URL=https://dev.1c-bitrix.ru/learning/course/index.php?COURSE_ID=103&LESSON_ID=296&LESSON_PATH=8799.3989.296]в доках[/URL]. Там же предлагается способ отключения через init.php.
urlrewrite.php обновляется с ошибкой каждые 15 минут, Как запретить перезаписывать urlrewrite
Хм... Если каждые 15 минут, возможно отрабатывает какой-то агент. Поищите в агентах строчку с периодом около 54000 (15 минут). Если есть, отключите его, посмотрите как изменится ситуация.
urlrewrite.php обновляется с ошибкой каждые 15 минут, Как запретить перезаписывать urlrewrite