Добрый день.
ISPmanager и RPM-пакет bitrix-env 2.0 действительно вместе не будут работать.
Основная причина в том, что при установке bitrix-env 2.0 в качестве веб сервера устанавливается ZendServer, а ISPmanager использует Apache.
Хотя и смысла установки ISPmanager и bitrix-env на одном сервере не вижу. Тут надо исходить из ваших задач. Если вам нужен хостинг на который вы сможете легко и быстро добавлять разные аккаунты с сайтами и разграничивать их по возможностям то вам нуден ISPmanager, настройки которого руками исправите для оптимальной работы сайтов.
Если же вам надо разместить свой сайт на заведомо оптимальной системе, а добавлять другие сайты на сервер будете редко либо вообще не будете, то лучше воспользоваться bitrix-env 2.0