1) Для начала приведите полный код из файла /bitrix/tools/myscript.php
Может Вы не подключаете ядро Битрикс, или не стартуете сессию вручную (и если так, то откуда ей взяться?)
2) Как именно делаете Ajax запрос
3) Тот хвост, который у Вас приходит, очень похож на отработку события onAfterAjaxResponse, однако не буду делать поспешных выводов, пока нет ответов на 1,2 вопрос.
Может Вы не подключаете ядро Битрикс, или не стартуете сессию вручную (и если так, то откуда ей взяться?)
2) Как именно делаете Ajax запрос
3) Тот хвост, который у Вас приходит, очень похож на отработку события onAfterAjaxResponse, однако не буду делать поспешных выводов, пока нет ответов на 1,2 вопрос.