Важный, но не всегда очевидный момент: если вы манипулируете в обработчике данными массива PROPERTY_VALUES, то обязательно проверяйте его на существование! В противном случае, если метод CIBlockElement::Update был вызван без указания значений этого массива, ваши манипуляции очистят все остальные свойства элемента инфоблока.