Добавляем функционал древовидной архитектуры Групп (Проектов).

Дочерние группы имеют полный функционал? Свой набор прав группы? Как с интеграцией с задачами?
Вообще очень хорошо, нам сейчас этого не хватает - часто хочется сделать группу для подразделения, а в ней ещё подгруппы по отделам или проектам, чтобы разграничить доступ внутри подразделения. Куча групп в одном уровне - решение не очень.

Т.е. реализовали модификацией ядра?

В КП вообще мало что можно реализовать без модификации ядра, так как:
визуал списка задач -- в ведре
визуал плана рабочего дня -- в ведре
визуал каллендаря -- в ведре
итд
+ половины нужных фильтров, группировок, сортировок -- текущее API не поддерживает..

Без модификации ядра -- это сайты визитки только клепать, да на модуль Инфоблоков на bitrix:catalog.section и bitrix:catalog.element..

Не воспримите как пропаганду правки ядра где это надо и где не надо, но все более-менее серьезное далается с правкой ядра. Если кто-то никогда не правит ядро -- значит он никогда не реализует новаторских идей клиентов, идет по накатанной. А у нас шило в одном месте..