Если с прошлого запуска агента прошло времени больше, чем его период, то периодический будет отрабатывать то число раз, которое он не отработал.
Пример: Есть два агента с периодом 1 минута периодический и нет. На сайт никто не заходил 10 минут: периодический агент отработает 10 раз, а непериодический - только один.
Периодические агенты нужны чтобы выполнять операцию строго определенное число раз. Например, удаляем 1 файл кеша раз в 10 секунд. Надо чтобы через минуту было удалено 6 файлов, тогда создается периодический агент. Если же он удаляет весь старый кеш разом, то должен быть непериодический.