Не знаю точно, из-за чего возникла такая проблема, однако в какой-то момент битрикс стал складывать все товары в одну большую корневую категорию, а не делить их на несколько разных. Причем эта проблема есть только в редакции "Малый бизнес". Про попытке выгрузить те же товары, из того-же 1С УТ с теми же настройками в редакцию "Бизнес", все разделы замечательно создаются. Даже если удалить инфоблоки полностью, чтобы модуль сам создал их заново. Настройки вроде бы все те же самые, что я мог упустить? И где искать проблему?