создание новых каталогов при обмене

То же самое нужно сделать, только внимательно. Аккуратно взять коды из вновь созданных инфоблоков и вписать их в старые, затем аккуратно удалить созданные инфоблоки. Если обмен опять пойдет не туда, нужно посмотреть, чем обмену не нравится старый инфоблок - бывает там одно свойство 2 раза заведено или нет возможности создать служебные свойства потому что с таким названием уже есть. тогда нужно привести в порядок и свойства, и внешние коды свойств - сделать как во вновь созданном инфоблоке.