504 ошибка при Проверка / восстановление таблиц

Пытаюсь оптимизировать БД, через
https://site.ru/bitrix/admin/repair_db.php?optimize_tables=Y&lang=ru

В процессе оптимизации таблицы b_iblock_11_index (325.98 МБ) получаю 504 ошибку.
В инфоблоке около 150к товаров.

Самая большая таблица: b_iblock_element_iprop (437.97 МБ)

В /etc/php.d/z_bx_custom.ini выставил:

memory_limit = 2048M
request_terminate_timeout = 2400
max_execution_time = 2400

в phpinfo действительно max_execution_time 2400
Думаю, что больше не нужно..

Пробовал вставлять в скрипт perfmon_tables.php
set_time_limit(2400);
echo ini_get('max_execution_time');

504 получаю через 15-20 минут после начала выполнения скрипта.

Что ещё можно изменить, чтобы сервер дождался завершения работы скрипта?
Хотелось бы провести оптимизацию БД через админку сайта, чтобы не ругалась "проверка сайта".

БУС 18.0.9.
BVA 7.3.0
Centos 6.9