как в комплексном каталоге не отображать элементы детально если раздел деактивирован

нет, не стоит.
Я неверно описал проблему: проблема в "bitrix:catalog.element" - показывает независимо от того раздел активен или нет, по праямой ссылке на товар.
Проблема заключается в том что по всему сайту раскиданы куча ссылок на товары(в частности на обувь, а сейчас для нее новые требования ввели), и нужно обувь скрыть пока все не настроят. При отключении разделов в вышележаших разделах товар не отображается, а вот по прямым ссылкам легко.

Может у Вас поставлена галка "Показывать деактивированные товары" (https://ibb.co/mtkKJkB) ? Если не поставлена, то я бы попробовал проверить работу компонента на стандартном шаблоне из поставки 1С-Битрикс.