агент должен формировать ссылки на файлы из инфоблоков. CFile::GetPath дает путь от корня, а переменные окружения типа $_SERVER["HTTP_HOST"] , из которых можно было бы вытащить url сайта, при выполнении агента не определены. SERVER_NAME в CSite - если в админке не прописали, то тоже не определен.