Сделайте в корне сайта без папки ru версию по-умолчанию (русскую), а в папке en расположите Английскую. Либо разводяющую страницу, наподобие Выберите язык: ру/англ
Спасибо за ответ! Но дело в том что старый проект на самописной системе который я хочу перевести на Битрикс использовал именно структуру как описано выше.
Если вы укажете РУ сайт на корень и положите туда разводящую или переключалку, то именно её вы и увидите при заходе в корень. Это не противоречит вашей структуре.