Что в вашем понимании дубли?
Т.е. у вас, по сути, один и тот же товар введен в разные категории отдельными элементами инфоблока? (тогда избавляйтесь от этой практики и привязывайте один и тот же элемент ко всем нужным разделам.
Или у вас при установленном фильтре на странице отображаются разделы и в каждом из них виден один и тот же товар (который ко всем им привязан)? Тогда надо доработать ваш шаблон
Т.е. у вас, по сути, один и тот же товар введен в разные категории отдельными элементами инфоблока? (тогда избавляйтесь от этой практики и привязывайте один и тот же элемент ко всем нужным разделам.
Или у вас при установленном фильтре на странице отображаются разделы и в каждом из них виден один и тот же товар (который ко всем им привязан)? Тогда надо доработать ваш шаблон
Есть проблема с ЧПУ умного фильтра. Голосуйте за

