Без мониторинга не обойтись. Mod_stat в апаче, atop, iotop, innotop, mytop и прочее. DDOS? Жесткий диск "посыпался"? Происходит автоматическое восстановление RAID? Слетел драйвер диска? Загрузили огромный файл и он неэффективно отдается? Кончилось место на диске? Mysql не хватает места во временном каталоге? Изменились настройки?