Уникальность Email проверяется только для внутренней регистрации. Внешние источники авторизации могут вовсе не отдавать email, например odnoklassniki, twitter, vkontakte, да и любые другие. Так что все равно связать по Email у Вас не получится для ряда сервисов.
Я думаю, что пользователей П2 тоже нужно мигрировать, там достаточно обеспечить правильный EXTERNAL_AUTH_ID и XML_ID. Смотрите тут: \bitrix\modules\socialservices\classes\general\, в классах наследниках CSocServAuth, метод Authorize().