Еще раз, копайте [B]/bitrix/admin/message_admin.php?lang=ru[/B]
Из списка событий.
[LIST]
[*][NEW_USER] - Зарегистрировался новый ползователь
[*][NEW_USER_CONFIM] - Подтверждение регистрации нового пользователя
[/LIST]
Эта два разных события, и не трудно догадаться, что происходят они в разные промежутки времени. Соответственно на одно событие вешаем один почтовый шаблон, на другое - другой.