Проверьте что у вас не стоит фильтр по остаткам в настройках выгрузки. Если такой фильтр стоит, то в выгрузку не попадают товары с нулевыми остатками, соответственно сайт про них ничего не узнает
[QUOTE]Денис пишет: Инфоблоки и битрикс меня вообще не интересуют (у меня их и нет), речь именно о поведении 1С.[/QUOTE]почему тогда вы эти вопросы задаете на сайте битрикса? Обратитесь в фирму 1С, 1С-предприятие - не наш продукт