Alex, попробуйте, для начала, сделать выгрузку в каталог, чтобы определить, на какой стороне проблема (1с или сайт). Проверить файлы и папки, которые создаст 1с при выгрузке.
Как сгруппировать доп.свойства номенклатуры при выгрузке из 1С УТ11 в Битрикс 24, Как сгруппировать доп.свойства номенклатуры при выгрузке из 1С УТ11 в Битрикс 24
Штатном ничего подобного не реализовать. Ни с одной, ни с другой стороны. Можно подать идею кастомизации схемы xsd, чтобы появилась сущность ГруппаСвойств. Но каким образом все это в битрикс записать и затем вывести в публичке. Но как обычно ничего невозможного нет и для реализации задуманного или предложенного нужно сесть, обдумать, спроектировать и реализовать (с двух сторон - 1с и битрикс