По моему вы не правильно подходите к решению проблемы - клиент, увидивший, что теперь ему вдруг платить надо еще 5%, просто закроет сайт и уйдет к другим.
Данная комиссия это ваша проблема - ее можно компенсировать за счет незначительного увеличения всех цен в магазине или же относить на свои расходы.
Делать наценку при выборе типа платежной системы в битриксе штатно не получится, только с доработкой. Причем после доработок вы, вероятнее всего, при обновлениях будете сидеть со своей доработанной компонентой. А ведь битрикс развивается, у него постоянно появляются новые возможности.
Так что совет - решайте вопрос с наценкой при оплате каким то способом чисто организационным путем.