/bitrix/php_interface/include/admin/ - скрипты, подключаемые в админ.части через left_menu
/bitrix/php_interface/include/handlers/ - обработчики событий, для каждого модуля в отдельном файле (main.php, iblock.php, ...), все строго классами
/bitrix/php_interface/include/utils/ - прочие классы (обычно один файл = один класс)
/bitrix/php_interface/include/cron/ - скрипты для крона
/bitrix/php_interface/include/controllers/ - редко используемая директория, хранятся обработчики статусов веб-форм, обработчики полей формы ИБ (старая версия)
/bitrix/php_interface/init.php - инициализация констант каких-то, include классов выше, больше никакой логики
Если есть какие-то сторонние библиотеки, то стараюсь их также помещать в /bitrix/php_interface/include/
Почему так? Привык просто :) Но знаю точно одно - строгий порядок в файлах позволяет в дальнейшем легко управлять быстрорастущим проектом.