ну как у нас сделано на одном из магазинов.
идет заливка каталога отдельным csv файлом без количества на складе и без цен. только одни описания. при этом артикул товара из внутренней базы записывается в XML_ID.
дальше идет загрузка другого csv файлика, в котором только артикул, цена и количество.
соответственно и обновление всего этого идет по артикулу, который записан в XML_ID.
если указан XML_ID, то название товара при импорте можно не указывать.