вы можете применить событие, которое срабатывает до или после удаления элемента инфоблока. Но если Вы хотите, чтобы это срабатывало только в админ панели, то можно проверять константу ADMIN_SECTION или просто текущий путь смотреть в $_SERVER.
может быть Вам нужно применить сортировку в интерфейсе Сайты /bitrix/admin/site_admin.php?lang=ru ? Или сайт "по умолчанию" изменить? Я так понял, что у Вас не те шаблоны применяются к сайтам в многосайтовости. Я прав?