Я так понимаю это Мирохост? Значит не хватало времени на выполнение скрипта обновления, и скорее всего оно (обновление) тоже отрубилось на пол пути.
Пробуйте через FTP добавить строчку "define("SM_SAFE_MODE", true);" в файл /bitrix/php_interface/dbconn.php - это отключит все модули кроме Главного и Управления структурой, напишите что вышло...