в вашем случае лучше использовать чекбокс с одним значением "Y", тогда:
[CODE]$arrFilter=array("!PROPERTY_ON_MAIN" =>false);//установлено[/CODE]
[CODE]$arrFilter=array("PROPERTY_ON_MAIN" =>false);//не установлено[/CODE]
[CODE]$arrFilter=array("!PROPERTY_ON_MAIN" =>false);//установлено[/CODE]
[CODE]$arrFilter=array("PROPERTY_ON_MAIN" =>false);//не установлено[/CODE]