Речь идет о скидках торгового каталога? Я про скидки на группу пользователей. Если да - это разные модули, действуют независимо. Можете посмотреть события компонента заказа - возможно, они помогут.
Чтобы показывать товары подразделов - достаточно установить нужную галочку в настройках компонента. А вот второй вопрос требует кастомизации компонента.