Админка - Настройки - Поиск - Переиндексация. Снять галочку "Переиндексировать измененные". В поле "Модуль" выбрать "Информационные блоки". И если на сайте большой объем данных, лучше это делать тогда, когда нагрузка на сайт минимальна.
Создайте группу "Пользователи админ-панели" (если не существует). Дайте ей права на чтение на папку /bitrix/admin/. Включите в группу Вашего пользователя. Должно помочь.
Проверьте настройки не компонента, а инфоблока. А именно - индексируются ли элементы. Если включена индексация разделов, а она Вам не нужна - отключите. Так же провеьте шаблоны ссылок для раздела и элемента инфоблока. После всего этого выполните переиндексацию.
И не должно. Согласно приведенным настройкам, Вы хотите работать с включаемой областью для раздела. А файл, в котором она находится (судя по Вашим настройкам), называется sect_inc.php, ищется рекурсивно от текущего каталога вплоть до корня сайта.